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動的なページの場合、URL に「?」や「＝」が含まれていることがあります。
これが不利だと言われています。

ウェブマスター向けガイドラインhttp://www.google.com/support/webmasters/bin/answer.py?hl=jp&answer=35769

スパイダーによっては、静的ページと同じにはクロールされない場合があるのでパラメータを短くしたり、パラメータを少なくするとクロールしやすくなるとあります。

つまり、「？」が１個あっても
あまり影響はありません。
通常、ブログでは、？が２個以上付くことはありませんので気にする必要はないと思います。
個人的には、ムーバブルタイプの再構築のイライラのほうが気になります。